当小樱、当麻、土御门、神裂、米夏在学园都市内“兜圈子”的期间——
美琴得知菲布理是人造人，之后小樱和其他妹妹又被“上级”叫去做“黑暗”的工作，拜托大家照顾菲布理后，美琴心中那个恨啊，已经难以隐藏在心里了，连朋友们都看出了她的状态不对。
经过自我心理的激烈斗争和朋友们的劝告后，美琴约了还不知道真相的黑子、初春和泪子，向她们坦白了实情。虽然大家的样子变了，可认知没变，所以完全无碍。
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&布理，和美琴学姐的妹妹们……都是人工制造的？”
&警备员也无法出手，真的存在这样的组织吗？而且连美琴学姐的妹妹们都是这种组织的人…………”
&布理没有那糖就活不下去什么的…………”
&想琴说道，“之前我为了妹妹们的事情，和她们接触过，是群非常危险的人，结果，我什么也没做成，最后还是靠妹妹们才摆平了事情，后来的‘幻想御手’、‘乱杂开放’事件也是，我真是个没用的姐姐，不是吗？
&布理的话，现在虽然有克洛伊的投影帮忙维持，但只能确认构成，制造方法却不详，并非长久之计，要救菲布理，就必须置身于如此危险之中。希望你们了解这点，说实话我不希望大家涉险，老实说，我不知道能否保护好大家…………”
不过美琴也只承认了已经认识的五个妹妹，两万个怎么说都太骇人听闻了？令美琴始料未及的是，大家马上就开始讨论起应对暗部的策略来了。美琴对此非常感动。
之后，初春和泪子前往风纪委员支部做进一步调查，美琴和黑子则到警备员那里了解一些情况——
&要那些驱动铠和警备机器人，以及要见见上次抓到的犯人吗？”黄泉川说道。
&要了解一些情况。”黑子说道。
&歉，东西都被上级收走了，犯人也因为没有证据，又迫于上级压力无罪释放了。”黄泉川叹气道。
&但是，有了这么多证据，怎么会无罪？”黑子不敢相信。
&些机械都没有电子系统，收缴的计算机也是一启动就被自动清空了数据，被摆了一道啊。嘛，那边肆意妄为也不是一两天了，我们不是没调查，但几乎一无所获。”
最后，美琴和黑子只从黄泉川那里得到了一个装有丝状物的零件作为线索。给冥土追魂分析后，得知是菲布理相同个体的头发，但没有进一步线索了。
无奈，在托了冥土追魂的关系后，美琴见到了正在被监禁的泰瑞丝缇娜。在一番舍弃尊严的死缠烂打后，得知了“生化智能（chemical-roid）计划”和该事件和学究会有关的事实。
根据该线索，初春查到了暗部“stndy”成员的部分嫌疑人，以及“studycorporation”，包括其在第十七学区的工厂的地址。
调查到此，一天已经过去，美琴决定次日亲自去这个工厂进行调查，毕竟这是现在唯一的线索。
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深夜，视线转到，御坂樱视角——
白天对当麻的老师同学的调查无果，天色暗下来后，便准备各自回到落脚点或公寓了，毕竟有些事太急也无法完成。
但是，过了大约午夜，神裂和土御门却再次被小樱召集到了大众餐厅。
&坂小姐，你叫我们来有是什么新发现吗？”神裂很认真地问道，虽然小樱的表现一直以来都是对魔法一知半解的样子，但从拯救茵蒂克丝的表现看，小樱的话还是很值得一听的。
&前说过，天使坠落的副作用只有施术者本人才不受影响，是吧？御坂樱在此确认。”
土御门和神裂点点头。
&们在市内调查的同时，为了提高效率，我让妹妹们去调查了一下上条同学的家人（黑客技术查找户口信息并黑掉学园都市外围防御系统后实地走访），发现只有他的父亲样子完全没变（照片比对）。御坂樱在此告知。”
&的意思是说，阿上的父亲就是施术者喵？”土御门道。
&题是，上条同学也说过，他的父亲上条刀夜是普通人。但是，当初救茵蒂克丝那段时间，我和上条讨
第六十二章 御坂姐妹侦探秀