遭遇了一些个人困扰，好友杭州知府王有龄被控告，何桂清在回复中表达了不满，被中央责问，但他以健康原因请求辞职，最终被挽留。
咸丰七年（1857），何桂清被任命为两江总督，并迅速投入到统筹军饷的工作中。他推荐王有龄担任江苏布政使，负责军饷事宜，并协调其他将领共同作战。在冬季，清军攻克镇江，何桂清因此功绩被加封为太子少保。
咸丰八年（1858），何桂清除了继续参与镇压太平天国之外，还参与了与英、法、美三国的谈判，改订了税则和通商章程，进一步巩固了清朝的财政基础。
到了咸丰十年（1860），何桂清继续在军事上取得进展。他指挥部队收复了江宁九洑洲，并成功合围江宁。当太平天国忠王李秀成奇袭杭州时，何桂清迅速调集兵力支援，最终击退了太平军，并收复了临安、孝丰和安吉。这一系列胜利使他在朝廷中的地位更加稳固，咸丰帝也多次嘉奖他的贡献。
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三、丢城失地
何桂清在镇压太平天国运动后期的表现，逐渐成为他一生中最大的污点。咸丰十年（1860），太平军对清军的攻势愈发猛烈。太平军围攻金坛，攻陷江阴，何桂清派遣总兵马得昭、熊天喜、曾秉忠以及副将刘成元分水陆两路抵御，但由于兵力分散，效果并不理想。太平军集结了十余万人，分别从建平和东坝两个方向出发，一支直逼江宁，另一支则窥视常州。面对如此强大的敌军，何桂清几乎失去了应对的能力。
不久之后，马得昭和周天孚分别前往支援苏州和常州，但太平军已经逼近金坛，并攻陷了句容。句容是清军大营的后方补给线，它的失陷导致清军的后勤供应中断。张玉良率军返回常州，但和春却急电调遣他前往大营增援。何桂清没有同意调遣张玉良，反而又调遣马得昭，但后者并未回应。此时，浙江巡抚王有龄写信劝诫何桂清不要离开常州，并警告说：“事棘时危，身为大臣，万目睽睽，视以动止。一举足则人心瓦解矣。”
不幸的是，天气恶劣，连降大雪，清军士兵饥寒交迫，无法得到足够的粮食补给，最终导致士兵哗变，纷纷逃离战场。和春与张国梁不得不撤退至丹阳。在这种情况下，何桂清上书陈述：“丹阳以上的军务由和春、张国梁负责；常州的军务由臣与张玉良负责。”部署刚刚稳定下来，太平军便直扑丹阳，张国梁在这次战斗中牺牲，和春逃往常州，这让何桂清感到极度震惊。
在局势进一步恶化的情况下，总理粮台查文经等人建议退守苏州。何桂清随即上书，将军事指挥权交给和春，自己则前往苏州筹措军饷。当他准备离开常州时，常州的绅士和平民阻拦道路，希望他留下。随行人员用枪驱散人群，造成十余人死亡。张玉良留守常州，不久也撤离。常州的士民坚守城池，但几天后城池陷落，遭到屠杀。何桂清抵达苏州后，遭到巡抚徐有壬的拒绝，并被弹劾其弃城失地之罪。和春退至无锡时受伤身亡。何桂清借口借用外国军队，前往上海避难。
苏州随后也被太平军占领，徐有壬自杀殉职，并留下遗书继续弹劾何桂清。咸丰帝下令逮捕何桂清，将其带回北京治罪。恰逢此时，各国联军侵犯京师，皇帝避难至热河，此事拖延了两年。尽管何桂清的旧部下王有龄和江苏巡抚薛焕多次上疏请求宽恕，但未获批准。同治元年（1862），何桂清终于被捕入狱，被判斩监候。大学士祁俊藻等十七人上书请求赦免，但尚书李棠阶坚决反对，最终判决得以维持。
在审理过程中，何桂清引用下属的报告为自己辩护，但曾国藩在奏疏中指出：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止。大臣以心迹定罪，不必以公禀有无为权衡。”最终，何桂清被判处斩立决定谳，12月21日在京师菜市口法场执行，弃市。
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第311章 何桂清——从科举神童到弃市之臣