查察他是否杀死玄苦大之师之凶手，其间悟出最後一掌「一空到底」。
武林人士宁愿各自死在萧峰手下，也不肯供出当年的「带头大哥」是谁，直到萧峰被骗误杀妻子阿朱后，方才痛心罢手，不肯追究。
此后，逍遥派第三代掌门灵鷲宫主人虚竹大战吐蕃大轮寺鸠摩智明王时，因使处逍遥派武功，虽护寺成功，但违反戒律，适时丏帮率众上山与少林争取武林盟主之位。
时後玄慈须行责打及废除虚竹武功、驱逐出少林寺，而在执行杖责时，掀开虚竹僧衣，露出腰间九点香疤，引发叶二娘大呼「我的儿啊！」而此时，当初自杀未死的萧远山出现，说出虚竹乃是叶二娘、玄慈之子！
萧远山在落崖后潜伏少林寺，并报仇抢走虚竹，使其二十四年内不知父母；而叶二娘也因此伤心欲绝，从此行恶专偷他人孩子。[7]
事实真相大明后，因果连连相扣，玄慈与叶二娘一同自杀，而刚得知身世父母的虚竹却不得不接受同日父母双亡的事实。
说这玄慈是有情之人。
在人世间难分难舍，做下种种恶行。然而，人都会做错事，但是作为一个修炼人，对自己做错的事是一个什么态度，是决定着他的修炼层次的。有时候，当要一个人放下名利情时，那比要他去死还难。而我们的玄慈方丈，在天下群雄面前，认下了儿子虚竹和二娘，那是真比要了他的命还难受。但是，作为修炼者，玄慈放下了自己尊贵的身份，勇敢的承认了自己的错误，接受寺规的制裁，直看得我痛哭流涕。真丈夫，好男儿，不愧为少林寺一代高僧！
玄慈与神山，并称“降龙伏虎”两罗汉。
玄慈是本书一个关键角色，但戏份却并不多，见其德高望重，智方行圆，侃侃而谈，机锋过人，确有一代高僧风范。
但玄慈却也是无情之人。
一段对话有情不代表就真的有情。
最无情的人在某些时候一样可以抄两段琼瑶奶奶的文字来玩玩煽情。
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第二十四章 尔等皆是后辈