有足够的名分，这一先天弱点使他不能不依赖倡先拥立的福建实权人物郑芝龙、郑鸿逵兄弟。
即位后就以拥戴功加封郑芝龙为平虏侯，郑鸿逵为定虏侯、郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。
此外为了收揽人心，任命黄道周、蒋德璟、苏观生、何吾驺、黄鸣俊、陈子壮、林欲楫、曾樱、朱继祚、傅冠等二十余人为大学士，入阁人数之多，在明代历史上从未有过。
缺乏自己本身嫡系力量的朱聿键在军事上只能依赖郑芝龙郑家兄弟，而在政治上为了收揽人心大量封官许愿，虽然在一定程度上呈现了隆武朝廷的兴盛，但却也注定了朱聿键不能成为一个强势的君王。
由于在军事上依赖郑家，在政治上依赖群臣，导致朱聿键基本上成了一个差不多被架空的皇帝，他的许多主张都得不到有效实行，下面的大臣经常出现阳奉阴违的情形。有些时候甚至在朝堂上和朱聿键争得面红耳赤，为了不失去群臣的支持，朱聿键往往也只能妥协。
于是，招安王自用和张献忠的事情因为遭到大臣的反对而被无限期搁浅。
凤阳巡抚兼南京户部尚书马士英在凤阳兵败后逃到庐州，后又逃到杭州、绍兴一带，继续组织兵力抗金。马士英得知朱聿键在福州称帝后，曾派人來表达愿意奉朱聿键为尊，请求朝见朱聿键。
朱聿键闻讯心里高兴，打算接纳马士英部，以增强抗金力量。然而，朝廷上许多文臣都表示强烈反对，礼部尚书黄锦、太常寺卿曹学佺等上疏力争。朱聿键只好下诏定士英为“罪辅”、“逆辅”，让他在江浙“图功自赎”。
朱聿键连近在身边的江浙一带的势力都沒能掌控好，对于远在湖广和河南的墨家军自然更加沒有什么约束力，只是为了拉拢墨离，朱聿键加封墨离为定国公，盼他用心为大明恢复故土，驱除鞑虏......
第二百七十九章 隆武继位