署，捷克人开始经由西伯利亚大铁路进行长途东撤，第1团自始至终作为断后部队。”
三月份捷克军团回到俄罗斯，准备乘火车前往西伯利亚。但在俄罗斯，一切都不会那么简单。当时俄罗斯有超过200万战俘。这些人占俄罗斯劳动力的20%以上。将战俘转移回他们的祖国是《布列斯特-立托夫斯克和约》的条件之一。但是俄罗斯革命者们需要他们能得到的每一位士兵来对抗德国军队。捷克军团的旅程一度也因此受到很大影响。当年五月，一名匈牙利战俘在车里雅宾斯克袭击了一名军团士兵，这名战俘被该军团处以私刑。随后车里雅宾斯克政府逮捕了捷克军团的警卫。但是在军团士兵眼中，警卫是无辜的。于是，3000名愤怒的军团士兵夺取了该镇的控制权，并从当地军需处缴获了800件武器。曾经试图招募捷克人和斯洛伐克人加入红军的莱昂·托洛茨基被激怒了。5月21日，他下令强行解除军团武装。经过几个月的等待后，军团士兵决定自己解决问题——不管是谁试图阻止他们，他们都将凭借自己的力量前往海参崴。于是，训练有素、久经沙场的军团成为了反革命力量。他们的部队一个接一个地控制了该地区的车站和铁路。他们沿途搜集枪支弹药来武装他们乘坐的火车，并击败了意图控制铁路交通线的革命军。为了保证他们的旅途畅通无阻，军团还联合了反对派力量，如科穆赫人民军，以及亚历山大·瓦西里耶维奇·高尔察克（alexander vasilyevich kolchak）的白军军队。
1918年的停战结束了第一次世界大战，1919年的《凡尔赛和约》建立了一个独立的捷克斯洛伐克。于是，1919年初，捷克军团撤退到符拉迪沃斯托克(海参崴)的步伐加快了。在整个撤退过程中，捷克军团俨然成为了俄罗斯大地上的另一股独立军事力量。他们急切的想要回到家乡，甚至不惜为此阻挡白军盟友的军事行动。捷克军团撤退的同时，也逐渐放弃了对西伯利亚铁路线的控制。而红军则紧跟在撤退的这支异乡流亡者身后，利用这个机会，连连击退白军。
不仅如此，捷克斯洛伐克人还向红军移交了白军领袖亚历山大·瓦西里耶维奇·高尔察克，后来又移交了他们从喀山抢劫的几车沙皇金条。作为交换，红军签署了一项休战协议，正式允许捷克斯洛伐克人退出了战争。