二月份，苟文明逃入南山，并与宋应伏、刘永受等人汇合。额勒登保亲自督师深入南山，指挥军队进行搜剿。在六月份的龚家湾战役中，额勒登保成功地消灭了大部分教匪，苟文明仅以身逃过一劫，而刘永受则在逃窜过程中被乡民歼灭。紧接着，在七月，额勒登保在宁陕的花石岩再次发动攻势，最终击毙了苟文明。因这一系列的胜利，额勒登保被晋封为一等伯。
随着战局的推进，额勒登保意识到战事即将结束，于是向朝廷上书，建议撤回来自东三省、直隶和两广地区的部队，并根据实际情况遣散或留下部分乡勇。之后，他继续在南山地区穷搜残余教匪。到了八月份，额勒登保成功擒获了苟文齐，并击毙了张芳。随后，他前往平利与德楞泰会合，共同剿灭了来自湖北的教匪。在五次战斗中，擒获和斩杀了超过一半的教匪。
十月份，额勒登保在达州击毙了青号的熊方青，并彻底消灭了竹溪地区的教匪势力。到了十一月份，额勒登保命令穆克登布追击教匪至通江的铁镫台，并成功擒获了景英、蒲添香、赖大祥以及湖北的老教首崔连乐。因这一系列胜利，额勒登保被晋封为三等侯。
随着主要教匪头目的相继落网，剩余的零星教匪四处逃窜，躲进了深山老林之中。到了十二月份，额勒登保向朝廷报告了剿匪工作的完成情况。嘉庆帝高度赞扬了额勒登保：“在筹划和决策方面，他总是能够抓住要害，亲自参与战斗，与士兵同甘共苦，其功勋最为卓着。”为此，额勒登保被晋封为一等侯，并授予世袭罔替的荣誉，任命为御前大臣，并加封太子太保，还特别赐予他使用紫色缰绳的殊荣。此外，根据各自的表现，其他有功人员也分别得到了相应的封赏。
七、善后有方
嘉庆八年（1803年），额勒登保继续留在陕西进行搜捕行动。这一年春天，他在紫阳成功擒获了姚馨佐、陈文海、宋应伏等多名教匪。然而，在搜捕过程中，穆克登布遭遇埋伏，不幸战死。穆克登布的牺牲使得额勒登保更加坚定了肃清残余教匪的决心。
六月份，额勒登保率军进入四川，在大宁地区成功擒获了熊老八和赵金友。值得注意的是，熊老八正是杀害穆克登布的凶手之一。这一系列的胜利标志着教匪的最后一批主要头目被彻底清除。
在剿匪工作接近尾声之际，额勒登保向朝廷上书，提出了详细的善后计划。他建议各省根据实际情况保留一部分本地的士兵和乡勇，具体来说，四川保留一万二千人，湖北保留一万人，陕西保留一万五千人，并将这些人分布在各地的重要位置。对于随军征战的乡勇，如果他们有自己的职业，则允许他们返回家乡；如果没有固定职业，则补充进入正规军中服役，并由高级军官统一指挥。
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七月份，额勒登保向朝廷报告了四川地区已经肃清的消息。接到捷报后，朝廷命令他暂时留在四川处理善后的各项事宜。额勒登保在陕西和湖北两地对营地和哨卡进行了编制和检查，确保所有工作都已经妥善完成之后，才率领部队返回京城。
十二月份，额勒登保抵达京城，受到了隆重的接待。他在养心殿接受了皇帝的接见，并受到了额外的奖励。作为对其功绩的认可，皇帝还特许他前往谒见裕陵，以表达对先帝的敬意。
八、卒于京师
嘉庆九年（1804年），额勒登保因之前未能为母亲守孝而弥补这一遗憾，开始在家守孝。不久之后，他接到了新的任务，前往四川与德楞泰一同追剿教匪的残余势力。尽管经历了长时间的战斗，但额勒登保依旧保持了极高的斗志和军事才能，继续为国家的安定贡献力量。
到了嘉庆十年（1805年），额勒登保回到了京城，担任总理行营的重要职务，并被任命为方略馆的总裁，负责整理和总结历次战役的经验教训。然而，长期的征战和劳累使得他的健康状况逐渐恶化。八月份，当嘉庆帝前往盛京（今沈阳）时，额勒登保因为身体原因无法随行。在皇帝谒陵礼成后，特别下诏对他加恩，晋封为三等公爵。
同年
第207章 额勒登保：从珠户到国之柱石的传奇一生