移出乾清宫，改居哕鸾宫。
六、遭人弹劾
方从哲在明光宗逝世后，因红丸案中的行为遭到了朝中众多官员的严厉指责。御史王安舜首先发难，弹劾方从哲轻率推荐精神异常的医生，并在事后给予奖赏，意图掩盖自己的责任。方从哲在回应中草拟太子的指令，仅处罚李可灼一年俸禄，这一处理方式并未满足朝中对李可灼的惩罚预期。
御史郑宗周随后跟进，要求将崔文升交予司法部门处理，而方从哲则拟令由司礼监进行调查，这一举措同样未能平息朝中对崔文升的愤怒。随着御史郭如楚、冯三元、焦源溥，给事中魏应嘉，太常卿曹王光，光禄少卿高攀龙，主事吕维祺等官员相继上奏，指责李可灼的罪行应当严惩，而方从哲却予以庇护，严重违背了国家法律。
给事 中惠世扬更是直接列举了方从哲的十条罪状和三条可杀的理由，指控方从哲独揽大权七年，阻碍贤才，危害国家；在光宗去世时处理事务不当；在梃击案中包庇奸党；任意破坏诏书；纵容儿子犯罪；压制言官；纵容 抚 臣失职；指挥军队作战失利；欺骗皇帝，使辅臣蒙羞；以及代征专卖税，侵害国家和百姓利益。此外，惠世扬还指出方从哲在处理郑贵妃请求封后一事上态度模糊；在李选侍凌辱圣母，导致圣母饮恨而死的问题上，方从哲收受贿赂，想封李选侍为贵妃；以及在崔文升用泄药伤害先帝和李可灼进献毒药后，方从哲不仅未加惩罚，反而拟作赏赐。
这些弹劾奏疏上达 天 听 ，皇帝虽然责备惠世扬的言辞过于激烈，但面对方从哲的多次请辞，始终采取了安抚和挽留的态度。即便在张泼、袁化中、王允成等人继续弹劾方从哲的情况下，皇帝仍旧置若罔闻。直到当年冬天，给事中程注再度弹劾方从哲，方从哲感到形势不容乐观，遂极力请求离职，连续六次上奏请辞。
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最终，皇帝任命方从哲为中极殿大学士，赏赐银币和蟒衣，并派遣行人护送他返回故乡，以此结束了方从哲在朝中长达数年的辅政生涯。
七、晚年
方从哲的晚年并不平静，尤其是在天启二年（1622年），礼部尚书孙慎行对红丸案的重新审视，将他推向了舆论的风口浪尖。孙慎行严厉指责方从哲在红丸案中扮演的角色，认为他是谋害君王的逆贼，要求朝廷彻查此事。这一指控引发了朝野的广泛关注，皇帝诏令朝廷大臣进行审议，而都御史邹元标则公开表示支持孙慎行的观点。
面对严峻的指责，方从哲上奏辩解，甚至主动请求削夺官阶，发配边疆，显示出他愿意承担后果的决心。[3]然而，皇帝的安抚之词并未能平息朝中的争论。给事中魏大中催促九卿尽快做出决议，而多数朝廷大臣倾向于认同孙慎行对方从哲的定罪，仅有少数官员如黄克缵、王志道、徐景濂以及汪庆为方从哲辩护，詹事公鼐则保持中立。
大学士韩爌在此关键时刻，向朝廷陈明了红丸案的前后经过，试图为方从哲解脱。吏部尚书张问达与户部尚书汪应蛟随后联合上奏，认为在紧急情况下，辅臣们探视病重的皇帝，实难有心怀弑逆之念，但同时也承认李可灼非医官，用药尝试导致先帝驾崩，方从哲等人未能制止，确有失职之责。
最终，李可灼被遣往边疆戍边，崔文升则被贬至南京，而方从哲本人未受到法律制裁。不久后，孙慎行因病离职，红丸案的后续影响似乎得以平息。然而，天启五年（1625年），魏忠贤利用《三朝要典》打击异己，不仅撤销了对李可灼的处罚，还重新启用崔文升，这导致了一批要求严惩方从哲的人士遭到贬谪或杀害。
方从哲在这一系列事件中，始终保持低调，即使魏忠贤党羽徐大化请求启用他，他也坚决不出仕。[8]直到崇祯元年（1628年）二月，方从哲逝世，享年六十六岁。[9]死后，他被追赠为太傅，谥号“文端”，这一荣誉性的称号在某种程度上反映了官方对方从哲学问与品行的认可，尽管他在生前因红丸案等事件饱受争议。
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第207章 方从哲：一位备受争议的明末首辅